1、性质不同，自治条例是民族自治地方根据自治权制定的综合的规范性法律文件；单行条例是根据自治权制定的调整某一方面事项的规范性法律文件。
2、规定的事项不同，单行条例规定某一方面具体事项，自治条例规定本地方实行区域自治的组织和活动原则、自治机关的构成和职权等内容。
3、制定的单位不同，单行条例不是民族自治地方的人民代表大会制定的，而自治条例是指由民族自治地方的人民代表大会制定的。
《中华人民共和国立法法》第六十六条第二款对自治条例和单行条例的立法权限作了特别规定，即“可以依照当地民族的特点，对法律和行规的规定作出变通规定，但不得违背法律和行规的基本原则，不得对和民族区域自治法的规定以及其他有关法律、行规专门就民族自治地方所作的规定作出变通规定”。
