农民工遭到包工头克扣工资，可向劳动行政部门举报或申请仲裁，不满仲裁结果可向起诉。根据《劳动争议调解仲裁法》第五条，当事人可申请调解、仲裁，不服仲裁裁决可向提起诉讼。根据《劳动争议调解仲裁法》第九条和《劳动合同法》第八十五条，用人单位拖欠工资或违反规定，劳动者可向劳动行政部门投诉，要求支付工资、加班费或赔偿金。
法律分析
包工头无故克扣工资的，农民工可以到劳动行政部门举报(通常是劳动管理监察大队)，也可以直接申请仲裁，如果对仲裁结果不满意，可以向提起起诉。
《劳动争议调解仲裁法》第五条：发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民提起诉讼。
《劳动争议调解仲裁法》第九条：用人单位违反国家规定，拖欠或者未足额支付劳动报酬，或者拖欠工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金的，劳动者可以向劳动行政部门投诉，劳动行政部门应当依法处理。
《中华人民共和国劳动合同法》第八十五条：用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：
(一)未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的；
(二)低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；
(三)安排加班不支付加班费的；
(四)解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。
结语
农民工应当知晓自己的权益，若遭到包工头无故克扣工资，可采取多种途径维护权益。根据《劳动争议调解仲裁法》，农民工可向劳动行政部门举报或申请仲裁，如对仲裁结果不满意，可向提起诉讼。《劳动合同法》也规定，用人单位违反规定拖欠劳动报酬等，劳动者可向劳动行政部门投诉，部门将依法处理。农民工应积极维权，维护自身合法权益。
法律依据
中华人民共和国劳动合同法（2012修正）：第七章 法律责任 第八十二条 【不订立书面劳动合同的法律责任】用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。
用人单位违反本法规定不与劳动者订立无固定期限劳动合同的，自应当订立无固定期限劳动合同之日起向劳动者每月支付二倍的工资。
中华人民共和国劳动法（2018修正）：第五章 工 资 第五十条 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
中华人民共和国劳动合同法（2012修正）：第七章 法律责任 第八十五条 【未依法支付劳动报酬、经济补偿等的法律责任】用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：
（一）未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的；
（二）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；
（三）安排加班不支付加班费的；
（四）解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。
